Pre každý zber údajov je vypracovaný výskumný protokol, ktorý obsahuje teoretické východiská pre jednotlivé cieľové oblasti, povinné moduly dotazníka s podrobnými inštrukciami, požadované procedúry pre vytváranie vzorky, zber údajov a prípravu národnej databázy údajov, pokyny k používaniu medzinárodnej databázy a pravidlá diseminácie. Jednotlivé moduly dotazníka sú vypracované v spolupráci s rozličnými pracovnými skupinami, pracujúcimi v rámci medzinárodného tímu HBSC (scientific development group, method development group, protocol development group, topic oriented working groups) a výsledný protokol prechádza schvaľovacím procesom. Nové položky/moduly sú zaradené až po realizácii pilotných štúdií, zhodnotení a implementovaní ich zistení.